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Tutorial pour les nouveaux utilisateurs de Méso-NH - Compilation / configuration de Méso-NH Version imprimable
Index de l'article
Compilation / configuration de Méso-NH
Mise en oeuvre d'une simulation Méso-NH

Méso-NH est un modèle atmosphérique de recherches développé conjointement par le CNRM-GAME et le Laboratoire d'Aérologie de Toulouse. C'est un modèle non hydrostatique et anélastique qui permet de simuler les mouvements atmosphériques allant de la méso-échelle (~1000 km) jusqu'à une fine échelle de l'ordre du mètre.

Démarrer avec Méso-NH, comme pour tout modèle numérique peut paraître chronophage notamment au cours de la compilation et  la configuration de l'environnement du modèle... Il est pourtant nécessaire d'effectuer ces étapes proprement.

Afin de faciliter la tâche aux futurs utilisateurs de Méso-NH, ce document se décline en deux étapes :

           -   Compilation et configuration de Méso-NH sur ClimServ

           -   Une brève présentation de l'élaboration d'une simulation Méso-NH via un cas test réel.

Il est cependant important de souligner que ce tutorial ne remplace en aucun cas les journées de formation proposées par la communauté des développeurs chaque semestre. Pour plus d'informations relatives à Méso-NH, ses mises à jour ainsi que ses nouvelles versions (une nouvelle version est en général disponible tous les 1-2 ans), veuillez consulter le site web du modèle:

http://mesonh.aero.obs-mip.fr/

  

  Compilation / configuration de Méso-NH

Ce tutorial décompose les différentes étapes de compilation et configuration du modèle numérique Méso-NH via le compilateur Intel Fortran (IFORT) sur Climserv .

Au préalable

Sélectionner IFORT comme compilateur MPI (cf ici)

mpi-selector --yes --user --set openmpi-1.4.3-ifort-x86_64
# se déloguer et/ou ouvrir une nouvelle session et vérifier que la procédure a bien été prise en compte :
mpi-selector --query
default:openmpi-1.4.3-pgfgcc-x86_64
level:user

Les commandes suivantes fonctionnent sous SHELL sh ou bash. Si le SHELL par défaut est csh ou tcsh, se placer sous bash :

bash

Afin d'éxecuter Méso-NH en mode MPI, il est nécessaire d'augmenter la limite par défaut du stacksize. Pour ce faire, créer par exemple, un fichier nommé UNLIMITED comprenant l'instance permettant d'augmenter la limite du stacksize. Il est important de ne pas utiliser l'option unlimited mais d'opter pour une large valeur du stacksize comme ci-dessous:

# créer un fichier nommé UNLIMITED dans le répertoire bin sous $HOME:
cd  ~
mkdir bin
vi bin/UNLIMITED

# copier l'instruction suivante dans le fichier UNLIMITED:
#!/bin/bash
ulimit -s 2000000
$*

 # puis créer un lien vers le dossier bin dans votre .profile, pour ce faire:
vi ~/.profile

# et copier dans le fichier l'instruction suivante:
export PATH=~/bin:.:$PATH 

Télécharger le code

  - Pour les utilisateurs de laboratoires non signataires de la licence Méso-NH (i.e. autres que LMD, LATMOS, LSCE), il est nécessaire de remplir et retourner un formulaire de contrat de licence accessible par le lien: http://mesonh.aero.obs-mip.fr/mesonh410/UserInformation afin de pouvoir télécharger le code de Méso-NH (celui-ci est accessible gratuitement). A noter qu'il est prévu que les prochaines versions du code soient distribuées librement sous licence CeCILL-C.

  - Après enregistrement en tant qu'utilisateur Méso-NH, en transmettant le numéro IP de votre poste à Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir , le code est téléchargeable à partir http://mesonh.aero.obs-mip.fr/mesonh410/Download .

  - Récupérer le fichier compressé sous l'entête désignée par « Install Méso-NH with a tar file » et le transférer sur ClimServ. 

Nous supposons par la suite que le fichier compressé est nommé PACK-MNH-VX-Y-Z.tar.gz et qu'il est placé sous $HOME sur ClimServ.

  - Décompresser le fichier:

cd $HOME
tar -zxvf PACK-MNH-VX-Y-Z.tar.gz 

  - Puis changer les lettres X-Y-Z du dossier généré en rapport avec la version de Méso-NH utilisée, à titre d'exemple la commande suivante renomme le dossier MNH-VX-Y-Z en MNH-V4-10-1, considérant la version V4-10-1 de Méso-NH :

mv MNH-VX-Y-Z MNH-V4-10-1

Nous nous considérerons par la suite dans la configuration de l’installation de la version V4-10-1 de Méso-NH et nous placerons dans le dossier MNH_Version=$HOME/MNH-V4-10-1. Néanmoins l'installation d'une autre version de Méso-NH s'effectue identiquement. A noter que les instructions de l'installation décrites ci-dessous sont aussi disponibles en anglais dans le fichier A-INSTALL placé dans le dossier MNH_Version.

Configuration de l'environnement Méso-NH

La configuration suivante est basée sur la compilation du code via IFORT en mode MPI.

  -  Positionner les variables par les commandes suivantes:

export ARCH=${ARCH:-LXifort}
export VER_MPI=${VER_MPI:-MPIAUTO}
export OPTLEVEL=${OPTLEVEL:-02}
export MNH_NCWRIT=MNH_NCWRIT

   - Après avoir sauvé les modifications, toujours dans le même dossier, exécuter la configuration :

cd $MNH_Version/src
configure

Cette exécution génère un fichier profile_mesonh-LXifortI4-MNH-V4-10-1-MPIAUTO-02 dans le dossier $MNH_Version/conf. A NOTER : l'extension de ce fichier LXifortI4-MNH-V4-10-1-MPIAUTO-02 résume les différents choix de configuration effectués à l'étape précédente.

  -  Exécuter ce nouveau fichier :

. $MNH_Version/conf/profile_mesonh-LXifortI4-MNH-V4-10-1-MPIAUTO-02

Compilation

   - Après avoir effectué la configuration de l'environnement Méso-NH, lancer la compilation dans le dossier $MNH_Version/src:

cd $MNH_Version/src
make -j 2

!!! Dans ce cas, seuls 2 processeurs sont utilisés pour la compilation, leur nombre peut bien évidemment être augmenté ce qui accélérera la compilation.

  - Enfin il est nécessaire d'installer les nouveaux exécutables dans le répertoire $MNH_Version/exe :

cd $MNH_Version/src
make installmaster

Tester quelques cas exemples de run

Il est souhaitable au préalable de lancer quelques cas tests. Ceux-ci sont disponibles dans $MNH_Version/MY_RUN/KTEST

Pour chaque cas test, se placer dans le dossier correspondant et lancer le script nommé run_nomdutest, exemple:

cd $MNH_Version/MY_RUN/KTEST/001_2Drelief
run_001_2Drelief

Veuillez vérifier au préalable que dans chaque script run contenu dans chaque sous dossier de l'exemple, l'exécution de l'instance se fasse en MPI i.e. :

time ${MPIRUN} nom_de_l'exécutable
# et non :
time ${MONORUN} nom_de_l'exécutable
# auquel cas remplacer ${MONORUN} par ${MPIRUN}

 

Dernière mise à jour : ( 03-03-2014 )
 
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