ClimServ Nouvelle Génération (Edition Octobre 2014)

L'ensemble des serveurs de ClimServ sera bientôt mis à jour vers une version plus récente de la distribution Linux actuellement utilisée (Passage de Centos 5.5 à Scientific Linux 6.5). Cette mise à jour s'accompagnera d'une mise à jour de la plupart des logiciels installés.

Pour préparer cette transition, plusieurs serveurs ont été installés afin de tester vos programmes sur cette nouvelle version :

 ssh $ Cet e-mail est protégé contre les robots collecteurs de mails, votre navigateur doit accepter le Javascript pour le voir
  • un cluster de 128 cores  constitué de 2 noeuds (quad-pro AMD Opteron 6378 16-core 2,4 GHz 256 Go de RAM, /tmp de 270 Go), accessible uniquement depuis camelot-ng (voir la documentation ):
 qsub programme.sh 
ou
 qsub -IVX 

 Les machines seront migrées de l'ancien cluster vers le nouveau petit à petit.

la fin de l'exploitation des anciennes machines est prévue pour fin 2014

Cette mise à jour se fait en lien avec la mise à jour de Ciclad  sur Jussieu.

Vous trouverez ci-dessous quelques indications sur les numéros de version des logiciels installés et sur les options de compilations ou d'utilisation de certaines librairies (voir également la page consacrées à la commande Module ).

Les Compilateurs :

  • gcc , gfortran , g++ : compilateur gnu 4.4.7 ( Free )
  • /opt/intel : compilateur INTEL fortran ifort + C et C++ 12.1.3.293 (commercial )
  • /opt/pgi-2013 : compilateur PORTLAND Fortran pgf95 + C et C++ 13.7 (commercial)
  • /opt/nagf95 : compilateur NAG Fortran nagfor 5.3 ( commercial )

Les Librairies :

  • librairies NetCDF 3.6.3 : disponible dans /opt/netcdf3/ pour chaque compilateur. Pour compiler :
    <Compilateur> -I/opt/netcdf3/<Compilateur>/include -L /opt/netcdf3/<Compilateur>/lib -lnetcdf 
    Exemple : pgf95 -I/opt/netcdf3/pgf95/include -L /opt/netcdf3/pgf95/lib -lnetcdf
  • librairies NetCDF 4.2 : disponible dans /opt/netcdf4/ pour chaque compilateur. Pour obtenir les options de compilation :
    /opt/netcdf42/<Compilateur>/bin/nf-config --all 
    Exemple : /opt/netcdf42/pgf95/bin/nf-config --all
  • librairies HDF5 1.8.10 : disponible dans /opt/hdf518/ pour chaque compilateur.
    Pour compiler, utiliser la commande  h5fc .
    Pour obtenir les options de compilation :
    /opt/hdf518/<Compilateur>/bin/h5fc --showconfig 
    Exemple : /opt/hdf518/pgf95/bin/h5fc --showconfig
  • librairies OpenMPI 1.6.5 : disponible pour chaque compilateur.
    Pour choisir une version :  mpi-selector-menu  (voir la Documentation )

Les Logiciels de visualisation et calcul :

  • ferret 6.7.2 : information http://ferret.wrc.noaa.gov/Ferret/
  • grads 2.0.a9 : information http://iges.org/grads/
  • ncl 6.1.2 : information http://www.ncl.ucar.edu/
  • GMT 4.5.11 : information http://gmt.soest.hawaii.edu/ Generic Mapping Tools
  • Python par défaut : 2.7.6
    Pour avoir la liste des modules et leur versions : pip freeze
    Il s'agit du python (Canopy) venant de https://www.enthought.com/
    Pour désactiver cet environnement, il suffit de créer un fichier .nocanopy dans $HOME et se reconnecter.
  • Scilab 5.4.1 logiciel open source gratuit de calcul numérique (logiciel libre INRIA)
  • Matlab 2013b
Dernière mise à jour : ( 29-10-2014 )