Implémentations de MPI sur ClimServ

Sur ClimServ plusieurs implémentations de mpi sont disponibles pour les différents compilateurs. Pour connaitre les implémentations de mpi disponibles :

$ mpi-selector --list

• lam-x86_64
• openmpi-1.2.8-gcc-x86_64
• openmpi-1.4.2-g95-x86_64
• openmpi-1.4.2-gfortran-x86_64
• openmpi-1.4.3-ifort-x86_64
• openmpi-1.4.3-pgf-x86_64
• openmpi-1.4.3-pgfgcc-x86_64

La version configurée par défaut est pour gcc-gfortran. Pour savoir laquelle est configurée pour votre compte :

$ mpi-selector --query

• default:openmpi-1.2.8-gcc-x86_64
• level:system

Chaque utilisateur peux choisir celle qu'il veut :

$ mpi-selector --set openmpi-1.4.3-ifort-x86_64

Ensuite en se déloguant, au login suivant :

$ mpi-selector --query

• default:openmpi-1.4.3-ifort-x86_64
• level:user

$ which mpirun

• mpirun is /usr/lib64/openmpi/1.4.3-ifort/bin/mpirun

Utilisation de OpenMPI sur le cluster

Pour les batch il n'est pas utile de préciser à mpirun le nombre de processeur (-np) car c'est le gestionnaire de batch qui le communique à OpenMPI.

• Par exemple, pour lancer un job sur 4 cpus d'un même noeud, taper :

$ qsub -l nodes=1:ppn=4 monjob.sh

• Pour 4 cpus repartis sur 2 nœud, taper :

$ qsub -l nodes=2:ppn=2 monjob.sh